Freiburg

Die Freibuger Cloud-Lösung für das Deutsche Zentrum für Bioinformatik Infrastruktur wird über das Universitätsrechenzentrum in Freiburg bereitgestellt. Dazu gehören eine Recheninfrastruktur, ein lokaler Spiegel von Referenzgenomen und Indizes, Software-Stacks für alle bioinformatischen Forschungsbereiche, die als Conda-Pakete oder Container angeboten werden, und ein Galaxy-Server für zugängliche und reproduzierbare Forschung, der all dies auf benutzerfreundliche Weise kombiniert. Die bereitgestellte Cloud-Umgebung umfasst die folgenden Dienste:

  • Infrastruktur als Service (IaaS): Auf die Cloud-Infrastruktur kann über verschiedene Virtualisierungstechnologien wie vorgefertigte oder personalisierte virtuelle Maschinen, Docker- oder Singularity-Container zugegriffen werden. Der Benutzer kann Rechenressourcen über HT-Condor, Moab oder die Galaxy API nutzen, um ressourcenintensive Datenanalysen oder Simulationen durchzuführen. Darüber hinaus können Benutzer Webdienste in ihrer Virtualisierungsumgebung einrichten und die verfügbaren Ressourcen für ihre Anwendungen nutzen.
  • Plattform als Service (PaaS): Die Galaxy-Workflow-Systeme werden das zentrale Tor zu komplexen Frameworks und Analyse-Pipelines sein. Von der Cheminformatik, Metabolomik und Genomik bis hin zur Bildgebung. Der Benutzer wird in der Lage sein, bestehende und von der Community kuratierte Workflows zu nutzen und sie selbst weiter anzupassen.
  • Software as a Service (SaaS): Der Freiburger Knotenpunkt ist stark in die BioConda- und BioContainers-Initiative involviert und bietet seinen Nutzern daher Software-Suiten "out of the box" an. Der Freiburger Cloud-Standort konzentriert sich unter anderem auf die Reproduzierbarkeit von Forschungsdaten und deren virtuelle Forschungsumgebungen, da Freiburg ein Projektpartner des CiTAR- und ViCe-Projekts ist.

Ein Hauptziel der de.NBI-Cloud in Freiburg ist es, Software, Referenzdaten, Schulungsmaterial und Rechenressourcen zur Verfügung zu stellen, um die Lücken zwischen verschiedenen wissenschaftlichen Bereichen zu schließen. Unser Ziel ist es, die breite Masse in die Lage zu versetzen, sich an ihrer eigenen Forschung zu beteiligen.

Die de.NBI Cloud-Infrastruktur in Freiburg umfasst mehr als 1800 Rechenkerne, 10 TByte RAM und 300 TByte Speicherkapazität.